据在10月16日正式发售前的最新泄露消息，《宝可梦传说 Z-A》将强制启用自动存档功能，且玩家无法手动关闭。这一改动也许会引发部分玩家的不满，尤其是那些希望通过反复重置存档捕捉特定闪光宝可梦的训练家。
自动存档功能在角色扮演游戏中已十分常见，并被广泛应用于任天堂旗下的多款作品中，例如《塞尔达传说：旷野之息》。在《宝可梦：剑/盾》中，自动存档首次被引入该系列，并默认开启，但玩家仍可选择关闭并使用手动存档。之后的《宝可梦：朱/紫》同样采用了自动存档机制，且在联网、交换宝可梦或进行太晶团体战等活动时会自动保存进度。
然而，根据宝可梦情报账号Centro在社交平台X上的爆料，《宝可梦传说 Z-A》将取消关闭自动存档的选项。玩家可调整的设置仅限于文字显示速度、小地图旋转方向与手柄震动功能。虽然目前尚不清楚游戏的自动存档频率，但该设计已在社交媒体上引发争议。部分玩家指出，这将严重影响“闪光宝可梦”猎捕流程，也让通过“软重置”来获取理想初始宝可梦属性的方式变得更加困难，因为玩家可能不得不反复创建新的存档文件。
此次泄露源于部分玩家在发售日前获取了游戏实体版，同时，由于数字预购玩家已可在Nintendo eShop上预载游戏，数据挖掘工作也已展开。据悉，《宝可梦传说 Z-A》的Nintendo Switch 2版本至少需要7.7GB存储空间。
除了自动存档机制外，《宝可梦传说 Z-A》在能力强化与削弱系统上的改动也引发部分争议。至于开发团队是否会在后续更新中允许玩家重新选择是否开启自动存档，目前尚不得而知。